肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中大肠埃希菌是最常见的致病菌，约占60%~80%。
感染途径一：上行感染
尿道结构因素：女性尿道短而宽，长度约3~5厘米，且靠近肛门，细菌更容易从尿道进入膀胱，进而上行感染肾盂。比如，女性在性生活后，就容易增加细菌上行感染的机会。个人卫生问题：不注意会阴部清洁，细菌容易滋生，从而增加肾盂肾炎的发病风险。例如，长时间不更换内裤、不清洗会阴部等。
感染途径二：血行感染
其他部位感染扩散：身体其他部位的感染病灶，如皮肤感染、扁桃体炎、鼻窦炎等，细菌可通过血液循环到达肾脏引起肾盂肾炎。比如，皮肤有化脓性感染时，细菌随血液流动可能到达肾脏。心内膜炎影响：患有感染性心内膜炎时，细菌栓子可经血流进入肾脏，引发肾盂肾炎。
易感因素三：尿路梗阻
结石或肿瘤阻塞：泌尿系统结石，如肾结石、输尿管结石等，会阻碍尿液正常排出，使尿液在尿路中潴留，细菌容易繁殖，进而引发肾盂肾炎。据统计，约1/3的肾盂肾炎患者合并有尿路梗阻因素。前列腺增生影响：男性老年人前列腺增生时，会压迫尿道，导致排尿不畅，尿液潴留，增加肾盂肾炎的发生几率。