肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，约90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后形成的后遗症。
一、肛周脓肿未及时规范治疗所致
肛周脓肿形成原因： 肛腺感染是引发肛周脓肿的主要原因，肛腺开口于肛窦，肛窦易受粪便损伤而感染，进而蔓延至肛腺。肛腺感染后可向上、下或周围扩散，形成肛周脓肿。如果肛周脓肿没有得到及时有效的治疗，如脓肿自行破溃后，伤口引流不畅，就容易形成肛瘘。例如，一些患者在肛周出现红肿热痛的脓肿表现后，没有及时就医进行规范的切开引流等处理，就可能发展为肛瘘。脓肿类型与肛瘘形成关系： 肛周脓肿按部位可分为低位肛周脓肿和高位肛周脓肿。低位肛周脓肿相对容易处理，但如果处理不彻底也可能形成简单的肛瘘；高位肛周脓肿由于位置较深，感染蔓延范围广，形成肛瘘的可能性更大，且肛瘘的管道往往更复杂。
二、直肠肛门损伤引发
外伤导致： 比如肛门直肠受外伤，像异物损伤、肛管直肠手术损伤等。如果肛门直肠受到外伤后，伤口感染，也可能引发肛瘘。例如，有患者因意外导致肛门直肠部位受伤，之后伤口发生感染，没有得到良好的愈合，就有可能逐渐形成肛瘘。医源性损伤： 在进行肛门直肠相关手术时，如内痔手术、肛瘘手术等，如果操作不当，也可能导致感染，进而引发肛瘘。比如在痔疮手术中，如果手术医生对解剖结构不熟悉，损伤了肛管直肠组织，术后护理不当，就容易引起感染形成肛瘘。
三、特异性炎症影响
结核性肛瘘： 由结核杆菌感染引起。结核杆菌可侵犯肛门直肠部位，导致组织破坏，形成结核性脓肿，脓肿破溃后就会形成肛瘘。这类肛瘘相对较少见，但一旦发生，治疗相对复杂，因为同时需要抗结核治疗。克罗恩病相关肛瘘： 克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位。当累及肛门直肠时，容易出现肛瘘。克罗恩病引起的肛瘘往往病情比较顽固，容易复发，治疗起来需要综合考虑克罗恩病本身的病情控制以及肛瘘的处理。