肛瘘主要是由肛腺感染引起的。一般来说，肛腺开口于直肠肛管交界处的肛窦处，肛窦易受损伤及细菌的侵袭，感染后可蔓延至肛腺。
肛腺感染引发肛瘘
肛窦感染扩散： 当肛窦受到损伤，比如粪便划伤等情况，细菌容易侵入肛窦并引发炎症。炎症会沿着肛腺管向周围组织蔓延，肛腺管是肛腺的排泄通道，炎症不断扩散，就可能形成肛瘘。例如，长期便秘的人，粪便干结容易划伤肛窦，增加肛窦感染的风险，进而引发肛瘘。肛腺阻塞： 肛腺管如果发生阻塞，比如分泌物排出不畅等，就会导致肛腺感染。阻塞的原因可能有多种，像肛窦炎导致周围组织肿胀，压迫肛腺管，使得肛腺内分泌物积聚，引发感染，最终可能发展为肛瘘。
肛周脓肿破溃形成肛瘘
肛周脓肿发展： 肛腺感染如果没有得到及时控制，炎症会进一步发展形成肛周脓肿。肛周脓肿是肛门周围软组织的化脓性感染，当脓肿自行破溃或者经过切开引流后，感染部位会形成管道，也就是肛瘘。一般来说，肛周脓肿发病后，如果没有得到规范治疗，大约有一半的患者会在数月到数年内形成肛瘘。破溃后的管道残留： 肛周脓肿破溃后，脓腔的表面皮肤会愈合，但内部的感染通道依然存在，这个通道就是肛瘘的瘘管。瘘管内会不断有分泌物积聚，导致炎症反复，难以自愈。
其他因素增加肛瘘风险
免疫力低下： 当人体免疫力低下时，比如患有糖尿病等基础疾病的患者，身体对抗细菌感染的能力减弱，更容易发生肛腺感染，进而引发肛瘘。有研究表明，糖尿病患者肛瘘的发生率比正常人要高2 - 3倍。肛门损伤： 肛门部位受到外伤，如骑跨伤等，会破坏肛门周围的组织，使细菌更容易侵入，增加肛瘘的发生风险。比如，经常骑摩托车的人，如果骑行姿势不当，容易导致肛门部位受伤，从而诱发肛瘘。