肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿破溃或切开引流后形成的后遗症。一般来说，约50%的肛管直肠周围脓肿患者若未得到及时有效的治疗，可能会发展为肛瘘。
感染因素导致肛瘘
肛周脓肿引发： 肛周部位受到细菌等病原体感染，形成脓肿。当脓肿自行破溃或者经人为切开引流后，脓腔壁会逐渐形成纤维化的管道，也就是肛瘘的瘘管。比如金黄色葡萄球菌等常见细菌感染肛周组织，就容易引发脓肿进而导致肛瘘。直肠肛门损伤引起： 外伤、吞咽骨头或异物等导致直肠肛门部位损伤，细菌趁机侵入，也可能引发感染形成肛瘘。比如不小心被尖锐物体戳伤肛门周围，就可能为细菌入侵创造条件。
特异性炎症相关肛瘘
结核性肛瘘： 由结核杆菌感染引起。结核杆菌可侵犯肛周组织，导致组织发生坏死、形成溃疡，进而发展为肛瘘。这类肛瘘相对少见，但一旦发生，治疗相对复杂，因为结核杆菌的特性使得治疗周期可能较长，且需要规范的抗结核治疗配合肛瘘的处理。克罗恩病相关肛瘘： 克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及肠道各部位，当累及肛周时，容易出现肛瘘。克罗恩病导致的肛瘘往往比较复杂，病情容易反复，因为克罗恩病本身是全身性的炎症性疾病，肛周病变只是其中一部分表现，治疗需要综合考虑全身情况和局部肛瘘的情况。
其他因素导致肛瘘
肛管直肠恶性肿瘤： 肛管直肠部位的恶性肿瘤，随着肿瘤的生长，可能会导致局部组织坏死、破溃，若累及周围组织，也可能形成肛瘘样改变。比如直肠癌晚期，肿瘤侵犯肛周组织，就可能出现肛瘘相关表现，但这种情况相对较为少见，不过一旦出现，往往提示病情较为严重。溃疡性结肠炎： 溃疡性结肠炎是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，病变主要累及直肠和结肠黏膜。当病情累及肛周时，也可能引发肛瘘。溃疡性结肠炎导致的肛瘘，治疗需要兼顾结肠炎的治疗和肛瘘的处理，因为肠道炎症不控制，肛瘘也容易反复不愈。