结肠炎的治疗药物需根据具体类型来选择，一般来说，氨基水杨酸制剂是常用的药物之一，像柳氮磺吡啶，它能抑制炎症反应，对轻中度的溃疡性结肠炎有一定疗效，约有60% - 70%的患者使用后能改善症状。
氨基水杨酸制剂类
柳氮磺吡啶：主要用于轻中度溃疡性结肠炎，通过在肠道分解出磺胺吡啶和5 - 氨基水杨酸发挥作用，能减轻肠道炎症。美沙拉嗪：也是氨基水杨酸制剂，有缓释片等剂型，局部作用于肠道病变部位，抗炎效果较好，副作用相对柳氮磺吡啶可能稍小些。
糖皮质激素
泼尼松：对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中重度结肠炎患者可使用，它能快速抗炎，但长期使用可能有较多副作用，比如容易引起骨质疏松、免疫力下降等，一般疗程在数周内。氢化可的松：可用于急性发作期的重症结肠炎患者，能迅速缓解炎症症状，但使用时需密切监测不良反应。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤：适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的结肠炎患者，它通过抑制免疫反应来发挥作用，起效相对较慢，一般需要数月才能看到明显效果，而且使用过程中要定期监测血常规等指标，因为可能会引起骨髓抑制等不良反应。巯嘌呤：与硫唑嘌呤作用机制类似，也可用于结肠炎的治疗，同样需要关注血液系统等方面的不良反应。
生物制剂
英夫利西单抗：对于重度难治性结肠炎有较好的疗效，它是一种抗肿瘤坏死因子的生物制剂，通过特异性结合肿瘤坏死因子来发挥抗炎作用，但使用前需要进行严格的筛查，确保没有感染等禁忌证，而且价格相对较高。