克罗恩病的病因目前尚未完全明确，一般认为是遗传因素、环境因素和免疫因素等多种因素共同作用引起的。据研究，遗传因素在克罗恩病的发病中起到重要作用，约10% - 20%的患者有家族史。
遗传因素方面：
基因关联： 多个基因与克罗恩病的易感性相关，比如NOD2/CARD15基因等。如果家族中有克罗恩病患者，那么亲属患该病的风险比普通人群要高一些。研究发现，携带某些特定基因变异的人群，发生克罗恩病的几率会明显增加。
环境因素方面：
饮食因素： 西方化的饮食可能是一个诱因。长期摄入高脂肪、高蛋白的饮食，可能会改变肠道菌群的组成和功能，从而增加克罗恩病的发病风险。例如，有研究对比了不同饮食习惯地区的人群，发现饮食西方化程度高的地区，克罗恩病的发病率相对较高。吸烟因素： 吸烟是克罗恩病发病和复发的重要危险因素。吸烟者患克罗恩病的风险比不吸烟者高，而且吸烟还会影响疾病的预后，比如使病情更容易复发、加重等。有数据显示，吸烟者中克罗恩病的发病率比不吸烟者高出一定比例，而且吸烟量越大，患病风险可能越高。
免疫因素方面：
肠道免疫反应异常： 肠道免疫系统在克罗恩病的发病中起关键作用。正常情况下，肠道免疫系统能够识别和应对外来的病原体等，但在克罗恩病患者中，肠道免疫反应出现异常，免疫系统错误地攻击肠道自身组织，导致肠道出现慢性炎症、溃疡等病变。例如，肠道中的淋巴细胞等免疫细胞异常活化，释放出多种炎症因子，引起肠道黏膜的炎症反应，进而逐步破坏肠道组织，出现腹痛、腹泻、肠梗阻等一系列克罗恩病的症状。