扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝内的分泌物、细菌、食物残渣等物质长期积累形成的。一般来说，扁桃体隐窝较深的人更容易产生结石。
扁桃体隐窝结构因素
隐窝过深： 人的扁桃体表面有许多深浅不一的隐窝，当隐窝过深时，脱落的上皮细胞、细菌、食物残渣等容易堆积在隐窝内。比如，有研究发现，约30%的人扁桃体隐窝深度超过2毫米，这类人群扁桃体结石的发生率相对更高。分泌物滞留： 扁桃体本身会分泌一些黏液等物质，正常情况下这些分泌物可以通过吞咽等动作排出，但如果隐窝结构异常，分泌物就容易在隐窝内滞留，为结石形成提供了基础。
口腔卫生状况因素
口腔清洁不到位： 平时不注意口腔卫生，没有按时刷牙、漱口，食物残渣就会残留在口腔内，尤其是扁桃体周围。例如，每天刷牙少于2次的人，扁桃体结石的发生率比每天刷牙3次及以上的人高出约40%。细菌滋生： 口腔内的细菌也会参与结石的形成过程。细菌会分解食物残渣，产生一些黏性物质，使脱落的上皮细胞、细菌等黏附在一起，逐渐形成结石。
慢性炎症刺激因素
扁桃体慢性炎症： 长期的扁桃体慢性炎症会使扁桃体组织发生变化，导致隐窝口阻塞。比如，患有慢性扁桃体炎的患者，炎症会使隐窝口黏膜充血、肿胀，进一步阻碍分泌物排出，从而促进结石形成。据统计，慢性扁桃体炎患者中扁桃体结石的发生率可达60%以上。免疫反应影响： 慢性炎症引起的免疫反应也会参与结石的形成。炎症刺激下，局部的免疫细胞等参与相关过程，使得结石形成的物质更容易聚集。