扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝长期堵塞，导致脱落的上皮细胞、细菌、食物残渣等物质沉积，逐渐钙化形成的。一般来说，扁桃体结石的形成与多种因素相关。
隐窝结构相关因素
扁桃体隐窝较深： 人的扁桃体表面有许多小隐窝，正常情况下这些隐窝比较浅，但有些人的扁桃体隐窝天生较深，这就为异物等物质的滞留提供了“便利条件”。据统计，约有10% - 20%的人扁桃体隐窝相对较深，更容易出现结石问题。隐窝内细胞代谢： 扁桃体隐窝内的细胞会不断进行代谢，会有细胞脱落。正常情况下这些脱落的细胞会随着吞咽等动作被清除，但如果隐窝有堵塞情况，脱落的细胞就容易堆积在隐窝内。
细菌感染因素
细菌滋生： 当口腔内细菌滋生时，比如链球菌、葡萄球菌等细菌在扁桃体隐窝内繁殖，细菌会与脱落的上皮细胞、食物残渣等混合在一起。这些细菌会产生一些物质，促进结石相关物质的钙化。有研究发现，约70%的扁桃体结石患者扁桃体隐窝内存在细菌感染的情况。炎症刺激： 细菌感染还可能引起扁桃体的炎症反应，炎症会导致隐窝壁水肿、狭窄，进一步阻碍隐窝内物质的排出，使得结石形成的概率增加。炎症持续存在时，这种阻碍作用会更加明显。
饮食生活习惯因素
食物残渣残留： 日常生活中，如果经常吃一些黏稠、容易残留的食物，像坚果碎屑、大块的肉类等，就容易残留在扁桃体隐窝内。比如吃坚果时，有大约5% - 8%的坚果碎屑可能会卡在扁桃体隐窝中。口腔卫生不佳： 不注意口腔卫生，长时间不刷牙、不漱口，口腔内的细菌、食物残渣等会大量积聚。如果每天刷牙少于2次，口腔卫生不良的概率会比每天刷牙2次以上的人高3 - 4倍，而口腔卫生不良是扁桃体结石形成的重要诱发因素之一。