肾结石碎石后还疼的原因主要有以下几点：
一、结石击碎后还未排出，或在排出下移过程中导致输尿管划伤从而引起疼痛。肾结石进行体外冲击波碎石，其原理是通过超声波能量将肾脏内的大结石震碎成小结石，然后经人体自然通道从肾盂进入输尿管、膀胱、尿道排出体外。在结石排出过程中，会刺激输尿管黏膜导致肾绞痛发作，且小结石排出掉落过程中偶尔仍会引发疼痛，这属于正常现象。
二、如果是手术治疗，如经皮肾镜或输尿管软镜碎石，术后一般会留置双J管。双J管是两侧为J型的直行管道，中间直行部分位于输尿管内，起到支撑输尿管、防止炎性狭窄、支撑扩张输尿管以及有助于尿液引流和小结石结晶排出的作用。双J管在体内会刺激膀胱黏膜和肾盂黏膜从而引起疼痛，这也属于正常现象，同时可能还会伴有血尿。术后一个月拔除双J管后此类症状通常会缓解。疼痛严重时，建议患者及时到医院进行泌尿系B超或CT检查。
总之，肾结石碎石后疼痛可能由多种原因导致，患者需根据具体情况进行相应处理，如有必要应及时就医检查。