肾结石碎石后仍疼痛可能有多种原因。首先，碎石后结石碎块排出过程中可能刺激尿路，导致疼痛，一般这种情况在数天内可能逐渐缓解。
一、结石碎块移动刺激
结石碎块在通过输尿管等尿路管道时，会对尿路黏膜产生刺激，引起疼痛，这是较为常见的原因之一，疼痛程度可能因个体对疼痛的耐受程度不同而有所差异。
二、尿路黏膜损伤
碎石过程中可能会造成尿路黏膜一定程度的损伤，即使结石已破碎，损伤修复过程中也可能引发疼痛，这种疼痛通常持续时间相对较短，但具体时长因人而异。
三、尿路感染
碎石后尿液引流可能不畅等因素容易引发尿路感染，炎症刺激会导致疼痛，患者可能还会伴有尿频、尿急等症状，这在免疫力较低或碎石后护理不当的人群中更易发生。
四、个体差异影响
不同患者对疼痛的敏感程度不同，一些对疼痛较敏感的患者可能会觉得碎石后疼痛持续时间相对较长或感觉更明显，而身体状况较好、恢复能力强的患者疼痛缓解相对较快。对于儿童等特殊人群，因为其尿路结构相对稚嫩，碎石后疼痛的情况可能需要更密切观察，因为儿童表达疼痛的方式可能不典型，更需关注其尿量、排尿情况等，及时发现异常并处理。