小脑萎缩的原因有多种。其中，遗传因素是一个重要方面，约有50%的小脑萎缩患者存在基因突变的遗传倾向，比如某些常染色体显性遗传疾病就可能导致小脑萎缩，这种遗传相关的小脑萎缩往往在家族中有明显的发病聚集性。
遗传因素导致
某些基因变异： 像编码钙通道、离子通道等相关蛋白的基因发生突变，就可能引发小脑萎缩。例如，SCA（脊髓小脑性共济失调）家族遗传病，就是由于特定基因的突变，使得患者逐渐出现小脑萎缩的症状，这类疾病具有一定的遗传规律，会在家族世代中传递。
神经系统疾病引发
多发性硬化： 这是一种中枢神经系统炎性脱髓鞘疾病，当病变累及小脑部位时，随着病情进展，可能会导致小脑萎缩。患者除了小脑萎缩相关表现外，还可能出现肢体无力、视力障碍等多种神经系统症状，病情会呈慢性进展性。帕金森病晚期： 帕金森病是常见的神经系统退行性疾病，在疾病晚期，部分患者会出现小脑萎缩的情况。主要表现为平衡障碍进一步加重、共济失调等症状加重，这是因为疾病的进展累及了小脑相关的神经通路和结构。
其他因素影响
中毒： 长期接触某些有毒物质也可能导致小脑萎缩。比如长期酗酒的人群，酒精中的有害物质会损害神经系统，尤其是小脑组织，长时间后就容易引发小脑萎缩。据统计，长期酗酒超过10年的人群中，出现小脑萎缩的比例相对较高。维生素缺乏： 严重的维生素B12缺乏也可能与小脑萎缩有关。维生素B12对神经系统的正常功能维持非常重要，缺乏时会影响神经髓鞘的合成等，进而导致小脑等神经系统结构出现萎缩改变，这种情况在一些营养不良或者长期素食且未补充足够维生素B12的人群中可能发生。