肛瘘合并肛裂的治疗并无绝对最好的方式，需依具体情况来选定。肛瘘主要采用手术治疗，也可配合药物治疗。肛裂的治疗涵盖一般性治疗、药物治疗以及手术治疗等。具体如下：
一、肛瘘的治疗：
1.手术治疗为主，常见术式包括挂线疗法、肛瘘切开术、肛瘘切除术等。
(1)挂线疗法：通过橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。
(2)肛瘘切开术：将肛瘘直接切开，使其敞开引流。
(3)肛瘘切除术：切除肛瘘的全部管道和瘢痕组织。
2.术后要做好切口周围清洁，可温水坐浴及冲洗，还可静脉滴注抗生素预防感染，如注射用头孢唑林钠、盐酸左氧氟沙星注射液、盐酸克林霉素注射液等。
二、肛裂的治疗：
1.对于病程短、病情轻的新发肛裂患者：
(1)可在医生指导下口服缓泻剂，如麻仁丸、蓖麻油、肠舒胶囊、乳果糖口服溶液等，以保持大便通畅。
(2)调整饮食结构，避免辛辣刺激性食物，多吃软质易消化且富含纤维的食物，多摄入新鲜蔬菜水果，保证水分摄入。
2.症状稍重的肛裂患者：
(1)除上述调整外，可在医生指导下进行高锰酸钾溶液温水坐浴或用复方荆芥熏洗剂进行熏蒸。
(2)外用硝酸甘油软膏、痔疮膏等。
3.病情症状较重的患者需手术治疗，术式包括肛裂切除术、内括约肌切断术、皮瓣移植术等。
总之，肛瘘合并肛裂的治疗需根据具体病情选择合适的方法，同时要注意术后护理和生活方式的调整。