肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成。其主要的病因有以下几点：
1.感染
（1）肛隐窝炎和肛腺感染是肛瘘形成的主要原因。
（2）因肛裂、痔疮、肛管直肠损伤等感染也可波及肛隐窝，引起肛腺感染，并向肛管直肠周围间隙扩散形成脓肿。
2.直肠肛管损伤
外伤、来自消化道的骨性异物损伤肛管直肠，或因肛管直肠附近的化脓性感染，如痔、肛裂等破溃后感染，均可导致肛瘘。
3.会阴部手术
内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染均可引起肛瘘。
4.结核
吞咽结核菌可引起溃疡性结肠炎，并发肛瘘。
5.克罗恩病
与肛瘘关系密切，均为消化道炎症性疾病。
6.其他
恶性肿瘤、肛管外伤、白血病、Crohn病、溃疡性结肠炎、性病等也可导致肛瘘。
肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此，一旦明确诊断，需要及时进行手术治疗。