肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道，主要侵犯肛管，很少涉及直肠，故常称为肛瘘，中医也称之为肛漏。引起肛瘘的原因主要有以下几点：
1.感染：
细菌感染：肛管直肠周围脓肿破溃或切开引流后容易形成肛瘘。
特异性感染：结核、克隆病、溃疡性结肠炎等特异性炎症也可并发肛瘘。
2.直肠肛门损伤：
外伤：来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器损伤肛管直肠，细菌容易从伤口进入引发感染，形成肛瘘。
肛裂：反复的肛裂也容易导致感染，形成肛瘘。
3.会阴部手术：
内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可引发肛瘘。
4.其他：
溃疡性大肠炎：可并发肛瘘，与克罗恩病的病理变化相似。
恶性肿瘤：肛管直肠癌破溃或波及深部的组织，容易引发肛瘘。