口腔溃疡的发病原因较为复杂，其中约20% - 30%的患者有遗传倾向，如果家族中有多人反复出现口腔溃疡，那么其本人患病几率相对较高。
局部创伤因素：
口腔内机械损伤： 刷牙时用力过猛、牙齿咬伤口腔黏膜、佩戴不合适的假牙等，都可能导致口腔黏膜破损，从而引发口腔溃疡。比如经常用硬毛牙刷且刷牙方式不正确的人，就容易因机械损伤出现口腔溃疡。牙齿刺激： 尖锐的牙尖、残根残冠等长期刺激口腔黏膜，也会诱发口腔溃疡。例如有蛀牙未及时治疗形成残根，就可能反复摩擦口腔内壁，引发溃疡。
免疫系统因素：
免疫力低下： 当人体免疫力下降时，如长期熬夜、过度劳累、患有慢性疾病等情况，就容易受到病原体侵袭，进而引发口腔溃疡。像长期熬夜的人，身体免疫力降低，口腔溃疡的发生率会比作息规律的人高。自身免疫反应异常： 自身免疫系统错误地攻击口腔黏膜组织，也会导致口腔溃疡反复发作。比如患有白塞病的患者，免疫系统异常会使口腔反复出现溃疡，还可能伴有眼部、生殖器等部位的病变。
营养缺乏因素：
维生素缺乏： 缺乏维生素B1、B2、B6、B12以及叶酸等，会影响口腔黏膜的正常代谢，增加口腔溃疡的发病风险。例如长期吃素且饮食单一的人，容易缺乏B族维生素，从而引发口腔溃疡。微量元素缺乏： 锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体多种酶的合成和代谢，缺乏锌会影响细胞的正常分裂和修复；铁是合成血红蛋白的重要原料，缺铁会导致免疫功能下降，进而引发口腔溃疡。比如孕妇如果缺铁，就可能更容易出现口腔溃疡。