口腔溃疡的引发原因较多，一般认为多种因素综合作用可导致口腔溃疡，比如约40%的患者有家族遗传倾向，若家族中有口腔溃疡患者，其自身患病几率会相对高些。
局部创伤因素
口腔内机械损伤： 比如刷牙时用力过猛，不小心划伤口腔黏膜；或者吃了比较硬的食物，像坚果、脆骨等，擦伤了口腔部位，就容易引发口腔溃疡。另外，牙齿残根、残冠边缘不光滑，长期摩擦口腔黏膜，也会导致局部反复出现口腔溃疡。正畸器具刺激： 戴牙套等正畸器具的人群，器具如果不合适，长时间刺激口腔黏膜，也可能引起口腔溃疡，这种情况在佩戴初期比较常见。
免疫系统因素
自身免疫反应异常： 当人体免疫系统出现紊乱时，比如患有自身免疫性疾病，像白塞病等，免疫系统会错误地攻击口腔黏膜组织，从而引发口腔溃疡。这类患者往往口腔溃疡反复发作，且病程较长。免疫力下降： 当身体处于疲劳状态、睡眠严重不足、营养不良等情况时，免疫力会降低，此时口腔内的潜在病菌就容易活跃起来，增加口腔溃疡发生的几率。比如长期熬夜后，很多人会发现口腔出现了溃疡。
营养缺乏因素
维生素缺乏： 尤其是缺乏维生素B族，像维生素B2、B6等，会影响口腔黏膜的正常代谢，导致黏膜抵抗力下降，容易引发口腔溃疡。比如长期挑食、节食的人，就容易出现维生素缺乏进而长口腔溃疡。微量元素缺乏： 锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体多种代谢过程，缺乏锌时会影响细胞的正常分裂和修复；铁是合成血红蛋白的重要原料，缺乏铁会影响身体的造血功能等，进而可能引发口腔溃疡。例如素食者如果饮食搭配不合理，就容易出现微量元素缺乏。
精神心理因素
长期压力大： 现代人生活节奏快，长期处于高压力状态下，会影响神经系统调节，导致内分泌失调，从而增加口腔溃疡发生的可能性。比如学生考试前、上班族工作繁忙时期，口腔溃疡的发生率可能会升高。情绪波动大： 长期焦虑、紧张、抑郁等不良情绪，会通过神经内分泌系统影响口腔黏膜的健康，使得口腔黏膜容易受损，引发口腔溃疡。比如面临重大生活事件，如亲人离世、失业等，情绪低落时，很多人会出现口腔溃疡。