巧克力囊肿主要是子宫内膜异位症的一种病变，是异位的子宫内膜在卵巢内生长，反复出血形成单个或多个囊肿，因囊内液体似巧克力样而得名。其引发原因主要有以下几方面：
子宫内膜种植学说
经血逆流： 女性在月经期间，子宫内膜碎屑可能会随着经血逆流，经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位。据统计，约有10% - 15%的女性存在经血逆流的情况，但并不是所有人都会发展为巧克力囊肿，这还与个体的免疫等因素有关。医源性种植： 比如剖宫产手术、中期妊娠剖宫取胎手术等，有可能将子宫内膜组织带至切口处并种植生长，进而引发巧克力囊肿。不过这种情况相对较少见。
体腔上皮化生学说
盆腔腹膜化生： 卵巢表面的生发上皮、盆腔腹膜等组织，在某些因素刺激下可发生化生，转化为子宫内膜样组织，从而形成巧克力囊肿。例如长期的炎症刺激可能会促使这种化生过程的发生。
免疫因素
自身免疫功能异常： 人体的免疫系统在正常情况下可以识别和清除异位的子宫内膜组织，但当自身免疫功能出现异常时，免疫系统不能有效识别和清除异位的内膜，导致异位内膜持续生长，逐渐形成巧克力囊肿。研究发现，患有巧克力囊肿的女性体内存在一些免疫相关指标的异常，如自身抗体的产生等。细胞免疫功能变化： 机体的细胞免疫功能也会影响巧克力囊肿的发生发展。当细胞免疫功能降低时，对异位内膜的监视和清除能力下降，使得异位内膜能够在卵巢等部位存活并生长，最终形成囊肿。