巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，其引起的原因主要有以下几点：
1.经血逆流：经期时，经血会从子宫腔经输卵管倒流至盆腔，甚至腹腔。脱落的子宫内膜会在盆腔内种植，形成异位囊肿，这是最常见的原因。
2.医源性种植：在进行剖宫产、人工流产、输卵管通液等妇科手术时，可能会将子宫内膜碎片带入盆腔，造成异位种植。
3.淋巴及静脉播散：子宫内膜可通过淋巴或静脉播散到远离盆腔的部位，如肺部、四肢等。
4.体腔上皮化生：在胚胎发育过程中，卵巢表面上皮、盆腔腹膜等处的组织可化生为子宫内膜组织。
5.免疫防御功能缺陷：患者的免疫功能可能存在缺陷，无法清除异位的子宫内膜组织，导致其生长、发展。
6.遗传因素：部分患者可能存在家族遗传倾向。
巧克力囊肿可能会导致痛经、性交痛、月经异常等症状，严重影响生活质量。如果出现相关症状，建议及时就医，以便早期诊断和治疗。