灰指甲主要是由皮肤癣菌等真菌感染引起的。据统计，约有超过30%的成人曾患过灰指甲相关的甲真菌病。
真菌直接感染导致
皮肤癣菌感染：皮肤癣菌是引发灰指甲最常见的真菌类型，像红色毛癣菌就很容易侵犯甲板和甲下组织。这些真菌会在指甲部位生长繁殖，分解指甲中的角蛋白等成分，从而破坏指甲的正常结构，使得指甲出现变色、增厚、变形等灰指甲的典型症状。酵母菌感染：白色念珠菌等酵母菌也可引起灰指甲。它们通常会从指甲周围的皮肤侵入，进而感染指甲。一般来说，免疫力较低的人群或者长期处于潮湿环境的人更容易受到酵母菌的感染而患上灰指甲。
自身因素易诱发
指甲损伤：如果指甲受到外伤，比如被重物砸到、过度修剪指甲导致甲床受损等，就会为真菌的入侵提供可乘之机。例如，长期从事手工劳动的人，指甲经常受到摩擦或碰撞，容易出现微小损伤，增加了感染真菌引发灰指甲的风险。免疫力低下：当人体免疫力下降时，比如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期服用免疫抑制剂的人群，身体抵御真菌的能力减弱，就更容易被真菌感染而患上灰指甲。像糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体的免疫功能受到影响，指甲部位受到真菌侵袭后，更容易发展成灰指甲。
环境因素的影响
潮湿环境：长期处于潮湿的环境中，比如经常浸泡在水中工作的人，如渔民、洗衣工等，指甲长时间处于潮湿状态，有利于真菌的生长繁殖。因为潮湿的环境为真菌提供了适宜的生存条件，使得真菌更容易在指甲上定植并引发感染，从而增加了患灰指甲的几率。公共卫生条件差：在公共浴池、游泳池等公共场所，如果卫生条件不佳，真菌容易在这些环境中存活并传播。人们在这些场所接触到被污染的物品，如拖鞋、毛巾等，就有可能感染真菌而患上灰指甲。比如在公共游泳池中，真菌可以通过水传播，当皮肤或指甲接触到被污染的水后，就可能被感染。