手指甲盖凹凸不平可能由多种原因造成。比如，甲癣（灰指甲）是常见原因之一，它是由皮肤癣菌等真菌感染引起的，真菌会破坏指甲的正常结构，导致指甲凹凸不平、变脆、变色等。
一、营养缺乏导致
缺乏维生素和矿物质：当身体缺乏维生素A、B族维生素、钙、铁等营养成分时，可能会影响指甲的生长，导致指甲凹凸不平。例如，长期挑食、节食的人，很容易出现营养不均衡，从而影响指甲健康。一般来说，正常成年人每天需要摄入一定量的各类维生素和矿物质来维持身体正常运转，以保证指甲的正常生长状态。蛋白质缺乏：蛋白质是指甲的重要组成部分，如果体内蛋白质摄入不足，指甲也可能出现凹凸不平的情况。像一些素食者，如果蛋白质摄入来源单一且不足，就可能面临这种问题。
二、疾病因素引起
皮肤病相关：银屑病患者约有5% - 30%会出现指甲病变，表现为指甲凹凸不平、点状凹陷、甲分离等。还有扁平苔藓也可能累及指甲，导致指甲出现类似的改变。系统性疾病：一些慢性疾病，如甲状腺功能减退症，由于甲状腺激素分泌不足，会影响身体的新陈代谢，进而影响指甲的生长，出现凹凸不平的现象。还有像雷诺病，患者手指末端血管痉挛，也可能影响指甲的血液供应，导致指甲异常。
三、外伤因素导致
长期机械性损伤：如果手指经常受到外力的挤压、摩擦等，比如长期从事手工劳动的人，指甲反复受到刺激，就容易出现凹凸不平的情况。还有经常咬指甲、抠指甲等不良习惯，也会损伤指甲的正常结构，导致指甲凹凸不平。