上呼吸道感染大多由病毒引起，其中约70%-80%由病毒导致，常见的病毒有鼻病毒、冠状病毒、流感病毒等；细菌感染约占20%-30%，像A组β溶血性链球菌、肺炎链球菌等是常见致病菌。另外，环境因素也会引发上呼吸道感染，比如气温突变、空气污染严重时，人体抵抗力下降，就容易被病原体侵袭而发病。
病毒引发的原因
鼻病毒感染：鼻病毒是引发普通感冒最常见的病原体之一，它主要通过飞沫传播，当人体接触到被鼻病毒污染的物品后，再用手触摸口鼻，就容易被感染。鼻病毒感染后，会引起鼻腔黏膜充血、水肿，出现鼻塞、流涕等症状。流感病毒感染：流感病毒分为甲、乙、丙三型，其中甲型流感病毒容易发生变异，可引起大流行。流感病毒主要通过空气中的飞沫传播，人群普遍易感，感染后症状相对较重，常伴有高热、头痛、全身酸痛等全身症状。
细菌导致的情况
A组β溶血性链球菌感染：A组β溶血性链球菌可引起急性扁桃体炎等上呼吸道感染，常通过飞沫或接触传播。该细菌感染后，会使扁桃体红肿、疼痛，有的还会出现脓性分泌物。肺炎链球菌感染：肺炎链球菌可导致肺炎、中耳炎等并发症，它可存在于正常人的鼻咽部，当人体抵抗力下降时，就会趁机侵入呼吸道引发感染，感染后可能出现咳嗽、咳痰、发热等症状。
环境因素的影响
气温突变：当气温突然下降时，人体的呼吸道黏膜血管收缩，血液循环不畅，局部抵抗力降低，容易让病原体入侵。比如在秋冬季节，气温变化较大，上呼吸道感染的发病率会有所升高。空气污染严重：空气中的有害气体（如二氧化硫、二氧化氮等）、颗粒物等污染物会刺激呼吸道黏膜，损伤呼吸道上皮细胞，使呼吸道的防御功能下降，从而增加上呼吸道感染的发生风险。例如在工业污染严重的地区，上呼吸道感染的发生率可能比污染轻的地区高。