同房三天后查出怀孕是正常的，可能是以下原因导致的：
1.受孕时间早：虽然通常是在排卵期同房才会怀孕，但精子在女性体内可以存活2-3天，而卵子排出后也可以存活1-2天，所以在同房三天后查出怀孕也是有可能的。
2.验孕过早：验孕棒或早孕试纸的检测结果可能不够准确，过早进行检测可能会出现假阴性的情况。建议在预计月经来潮日期后一周左右再进行检测，或者直接去医院进行血液检测，以确定是否怀孕。
3.多胎妊娠：有时一次同房会导致多个卵子受精，从而形成多胎妊娠。这种情况下，怀孕时间可能会比单胎妊娠更早被检测出来。
4.其他因素：女性的月经周期可能会受到情绪、压力、环境等因素的影响而发生变化，从而导致受孕时间提前。
需要注意的是，虽然同房三天后查出怀孕是正常的，但也不能完全排除宫外孕或其他异常情况的可能。因此，建议及时就医，进行详细的产前检查，以确保胚胎的健康和安全。同时，在孕早期要注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持良好的心态，按时服用叶酸等维生素。如果对怀孕结果有任何疑问或担忧，应咨询医生以获取更详细的信息和建议。