同房三天查出怀孕是正常的。一般来说，精子进入女性体内后可以存活2-3天，而卵子排出后可以存活1-2天，所以在同房三天后，精子和卵子可能已经相遇并结合，形成受精卵，进而怀孕。
需要注意的是，怀孕时间的计算是从末次月经的第一天开始算起的，而不是从同房的时间开始算起。因此，即使在同房三天后查出怀孕，实际上怀孕的时间可能已经超过了三天。
此外，在同房三天后查出怀孕，也不能确定是在这次同房中受孕的，因为之前的同房也可能导致怀孕。如果对怀孕的时间或其他方面有任何疑问，建议咨询医生或专业的医疗机构。
同时，需要提醒的是，早期怀孕需要特别注意，避免剧烈运动、劳累、吸烟、饮酒等不良习惯，同时要按照医生的建议进行产前检查，以确保胎儿的健康发育。如果出现阴道流血、腹痛等异常情况，应及时就医。