直肠黏膜脱垂的治疗方法需根据病情严重程度等因素来定。一般来说，轻度直肠黏膜脱垂可以通过一些非手术方法改善，而重度可能需要手术治疗。
非手术治疗方式
一般治疗：
儿童患者：对于儿童轻度直肠黏膜脱垂，多数可通过改善排便习惯等方式缓解。比如让儿童养成每天定时排便的习惯，排便时间控制在5分钟以内。同时，增加膳食纤维摄入，像多吃苹果、香蕉、芹菜等，保证每天摄入膳食纤维25~35克左右，有助于保持大便通畅，减轻直肠黏膜脱垂症状。成人轻度脱垂：成人轻度直肠黏膜脱垂也可先尝试一般治疗。避免长时间蹲厕所，一般每次排便时间不超过10分钟。还可以进行提肛运动，每天早中晚各做一次提肛运动，每次持续10~15分钟，通过收缩肛门来增强肛门括约肌功能，缓解直肠黏膜脱垂。
药物治疗：
局部用药：对于伴有肛门局部炎症的直肠黏膜脱垂患者，可使用局部抗炎药物。例如复方角菜酸酯栓，它能起到抗炎、消肿的作用，一般每天使用1~2次，塞进肛门内。但使用时要注意，对该药物过敏者禁用。中药坐浴：一些中药坐浴也有一定效果，比如五倍子汤坐浴。五倍子具有收敛等作用，一般用五倍子30克左右加水煮沸后，先熏蒸肛门，待水温合适后坐浴，每次15~20分钟，每天1~2次。不过，中药坐浴需在医生指导下进行，根据个体情况调整药物配方等。
手术治疗方式
经肛门手术：
直肠黏膜环切术：适用于部分直肠黏膜脱垂患者。该手术是通过肛门将脱垂的直肠黏膜环形切除一部分，从而改善脱垂情况。手术创伤相对较小，术后恢复时间一般在1~2周左右，但术后要注意保持肛门清洁，预防感染。肛门环缩术：对于年老体弱或不能耐受较大手术的直肠黏膜脱垂患者，可考虑肛门环缩术。手术是将硅胶环或尼龙带等置入肛门周围皮下，缩紧肛门，以改善直肠黏膜脱垂。术后要注意观察肛门局部情况，如有红肿、疼痛加剧等要及时就医。
经腹手术：
直肠悬吊固定术：这是治疗重度直肠黏膜脱垂的一种有效手术方法。通过将直肠悬吊固定在骶骨前等部位，防止直肠再次脱垂。手术相对复杂，术后住院时间一般在7~10天左右。术后患者需要严格卧床休息一段时间，按照医生要求进行康复锻炼等。