来月经时肚子疼、腰疼主要是因为前列腺素增多以及盆腔充血等原因。一般来说，有50%左右的女性在月经期间会出现不同程度的痛经表现，其中部分人会伴随腰疼。
前列腺素的作用
前列腺素分泌过多：月经期间，子宫内膜会合成并释放较多的前列腺素。前列腺素能引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态，从而出现痛经，同时前列腺素还可能会影响到腰部的肌肉和神经，导致腰疼。比如，当前列腺素水平明显升高时，子宫收缩变得强烈且不协调，就容易引发较剧烈的下腹部疼痛并放射到腰部。
盆腔充血因素
盆腔充血影响：月经期间盆腔处于充血状态，除了子宫充血外，腰部周围的组织也可能会受到影响。盆腔充血会刺激周围的神经末梢，进而引起腰部的坠胀感和疼痛感。一般在月经来潮的前1-2天，这种盆腔充血的情况可能就开始逐渐明显，所以有些人会提前感觉到腰疼和肚子疼。
个体差异影响
体质与激素水平：每个人的体质不同，对月经期间体内激素变化等的反应也不一样。比如一些女性本身子宫后位，月经期间子宫收缩时，后位子宫会对周围组织产生牵拉等作用，更容易出现腰疼和肚子疼的情况。另外，激素水平的波动除了影响前列腺素分泌外，也可能会影响到身体其他部位的神经调节，导致疼痛放射到腰部。还有些女性平时体质较弱，月经期间身体抵抗力下降，也会使得疼痛感觉更加明显。
生活习惯的关联
不良生活习惯加重：一些不良生活习惯也会加重来月经时肚子疼腰疼的症状。比如月经期间不注意保暖，受凉后会导致盆腔内的血管收缩，加重淤血和缺血状况，从而使疼痛加剧。还有月经期间过度劳累，身体处于疲劳状态，也会让腰部肌肉等的紧张度增加，进一步加重腰疼的感觉，同时也可能影响子宫的正常收缩，加重肚子疼。