月经来时腰疼肚子疼可能由以下原因引起：
一、经前期综合征：在月经即将来临之际，女性体内的激素水平会发生改变，通常促性腺激素的分泌会增加，进而致使孕激素、雌激素等激素的分泌也增多。这种激素水平的变化会引发一系列症状，其中就包括月经来时出现腰疼肚子疼的情况。一般来说，这些症状会随着月经的结束而逐渐消失。
二、盆腔炎：如果长期不注重个人卫生、有不洁的性生活或者术后发生感染等情况，都有可能诱发盆腔炎。炎症对局部形成刺激，会使盆腔内组织容易充血、水肿，从而导致月经来时腰疼肚子疼现象的出现。
三、子宫腺肌症：一般是指异位的子宫内膜受周期性激素改变的影响，在子宫肌层内弥漫性生长，由于反复出血，导致子宫肌壁出现粗厚的肌纤维带和含有陈旧性血液的微小囊腔。随着月经周期的变化，就可能会呈现出周期性腹痛的状况，进而造成月经来时腰疼肚子疼。
如果女性有月经来时腰疼肚子疼的表现，建议尽快前往医院就诊，明确具体原因，然后按照医嘱积极进行治疗。