有时出现吞咽困难可能由多种原因引起。比如，功能性原因中，精神因素可能导致，像一些人在紧张、焦虑时可能偶尔出现短暂的吞咽困难，这种情况可能没有器质性病变基础。
一、咽部疾病导致
咽炎： 急性咽炎时，咽部黏膜充血、肿胀，吞咽时会有异物感、疼痛等不适，进而可能出现吞咽困难，病程一般在数天到几周不等，若不及时治疗可能转为慢性。扁桃体炎： 扁桃体发炎肿大时，会阻塞咽部通道，影响吞咽，尤其是化脓性扁桃体炎，肿大明显，吞咽时疼痛加剧，体温可能会升高，一般体温可达到38℃~39℃甚至更高。
二、食管疾病引发
食管炎： 反流性食管炎较为常见，是因为胃酸反流刺激食管黏膜，导致食管黏膜受损，出现吞咽困难，同时可能伴有烧心、反酸等症状，这种情况可能会反复出现，有的患者病程可达数月甚至数年。食管狭窄： 比如因食管化学烧伤、食管癌等原因导致食管狭窄，会逐渐出现进行性吞咽困难，开始可能只是吞咽较硬的食物有困难，慢慢发展到连流质食物都难以咽下。
三、神经肌肉病变导致
吞咽神经麻痹： 如脑梗死等脑血管疾病可能影响吞咽神经，导致吞咽功能障碍，出现吞咽困难，脑梗死患者中约有一定比例会出现吞咽困难相关症状，具体比例因病情而异。重症肌无力： 这是一种自身免疫性疾病，会影响神经肌肉接头处的传递，导致吞咽肌肉无力，出现吞咽困难，症状具有波动性，晨起时较轻，下午或傍晚加重。