有时候出现吞咽困难可能由多种原因引起。比如，约有10% - 20%的健康人可能会偶尔出现短暂的吞咽困难，但如果经常出现就要引起重视了。
一、口腔咽部疾病导致
口腔炎症： 当患有口腔溃疡时，溃疡面会引起疼痛，在吞咽时刺激溃疡部位，就会导致吞咽困难。比如复发性阿弗他溃疡，发作时口腔内有单个或多个溃疡，吞咽食物经过口腔时会感到疼痛不适。咽部疾病： 咽炎是常见的咽部疾病，急性咽炎时咽部黏膜充血、肿胀，会出现吞咽疼痛伴吞咽困难；扁桃体炎也会导致吞咽困难，尤其是扁桃体肿大明显时，吞咽时会感觉咽部有梗阻感，儿童扁桃体炎较为常见，严重时可能影响进食。
二、食管疾病引发
食管炎： 反流性食管炎较为常见，由于胃酸反流刺激食管黏膜，导致食管黏膜炎症、水肿，患者会出现吞咽困难，还常伴有烧心、反酸等症状，这种情况在餐后尤其明显，比如进食大量食物后平躺，更容易出现反流导致吞咽困难加重。食管狭窄： 食管良性狭窄可能由食管灼伤、慢性食管炎等引起，食管恶性肿瘤也会导致食管狭窄，从而出现进行性吞咽困难，刚开始可能只是吞咽固体食物困难，随着病情进展，吞咽流质食物也会困难。例如食管癌患者，早期可能只是觉得吃干饭时有哽噎感，慢慢发展到喝水都困难。
三、神经肌肉病变所致
脑卒中： 脑卒中（脑中风）患者如果病变影响到吞咽神经或支配吞咽的肌肉，就会出现吞咽困难，多见于脑干梗死或出血的患者，这类患者除了吞咽困难，还可能伴有口角歪斜、肢体活动障碍等症状。重症肌无力： 这是一种神经肌肉接头传递功能障碍的自身免疫性疾病，会导致肌肉无力，其中吞咽肌肉受累时就会出现吞咽困难，患者往往在进食时逐渐感到吞咽费力，症状具有波动性，疲劳后加重，休息后减轻。