病毒性软疣主要通过局部治疗来治愈，一般可以采用物理治疗方法。比如冷冻治疗，通常经过1 - 2次冷冻处理，大部分患者就能看到效果。
物理治疗方法
冷冻治疗： 医生会用低温的液氮接触软疣疣体，利用低温使疣体组织坏死脱落。一般来说，较小的软疣可能一次冷冻就有效果，较大或者数量多的可能需要多次冷冻。刮除术： 用消毒后的刮匙将软疣的疣体刮除，操作时要注意彻底清除疣体组织。不过，这种方法可能会有轻微疼痛，术后要保持局部清洁，防止感染。
药物辅助治疗
外用药物： 可以使用一些具有抗病毒作用的外用药物，像维A酸软膏等。维A酸软膏能调节皮肤细胞的生长和分化，帮助改善软疣引起的皮肤损害情况，但使用时要注意按照医生指导，避免涂抹到正常皮肤上。不过药物治疗相对物理治疗来说，效果可能没有那么直接快速。
日常注意事项
避免搔抓： 得了病毒性软疣后，要尽量避免用手搔抓疣体，因为搔抓可能会导致病毒自身接种，使软疣数量增多，或者传染到身体其他部位。保持皮肤清洁： 要注意保持皮肤的清洁卫生，每天可以用温水清洗患处周围的皮肤，但清洗时动作要轻柔，不要过度刺激疣体。同时，穿宽松、棉质的衣物，减少对皮肤的摩擦。