病毒性软疣主要通过局部治疗来改善，一般可以采用刮除术。医生会用特制的刮匙将软疣小体完全刮除，然后外涂碘酊等以防细菌感染，这个过程相对简单，通常能较快处理单个软疣。
药物治疗情况
外用药物： 可以使用维A酸软膏，它能调节上皮细胞的生长和分化，对软疣有一定的作用，但起效相对较慢，可能需要连续使用数周。西多福韦凝胶也可用于治疗，不过使用时要注意观察局部皮肤反应。
物理治疗方式
冷冻治疗： 利用低温使软疣组织坏死脱落。一般是用液氮冷冻，每次冷冻时间可能在几秒钟到几十秒钟不等，可能需要多次治疗才能完全去除软疣，治疗后局部会有红肿、水疱等反应，通常1 - 2周可恢复。激光治疗： 用激光的高能量烧灼软疣，能快速去除病变组织，治疗时会有轻微疼痛，术后要保持创面清洁，防止感染，一般1周左右创面可愈合。
自身护理要点
避免搔抓： 病毒性软疣患者要尽量避免用手搔抓疣体，因为搔抓可能会导致病毒扩散，使疣体增多。比如搔抓后手上可能沾染病毒，再接触身体其他部位就容易引发新的软疣。注意个人卫生： 要保持皮肤清洁，勤换洗衣物，尤其是贴身衣物。可以每天用温水清洗患处周围皮肤，但要注意水温不宜过高，以免刺激皮肤。隔离与防护： 患者使用的毛巾、浴巾等个人物品要与他人分开，避免交叉感染。在公共浴室、游泳池等场所要注意防护，防止将病毒传染给他人。