导致早上起来后腰两侧疼的原因，可能是非病理性的，比如着凉、睡觉姿势不良、床垫过软等，也可能是病理性的，像腰椎间盘突出、滑脱，或是腰肌劳损等，需依据具体情况加以分析。
一、非病理性因素：
1.着凉：夜间睡觉时腰部长时间暴露在外，导致着凉，使腰部温度下降，局部血液循环减慢，出现血液与经络瘀阻，从而引发早上起来后腰两侧疼的状况。
2.睡觉姿势不良、床垫过软：夜间睡觉姿势不佳或床垫太软，会致使腰部肌肉长时间处于紧张状态而无法充分放松，进而导致早上起来后腰两侧疼的现象。
二、病理性因素：
1.腰椎间盘突出、滑脱：早上起来后因姿势不当可能诱发腰椎间盘突出或滑脱的腰部症状，出现后腰两侧疼，可能是由于椎间盘突出、滑脱导致的牵涉痛，或是肌肉、关节疼痛，同时伴有下肢疼痛、麻木、乏力等表现。
2.腰肌劳损：长期从事重体力劳动会使腰部肌肉、韧带等软组织受损，腰椎压力逐渐增大，从而引起早上起来后腰两侧疼，一般疼痛呈反复性，还伴有脊柱生理性弯曲、活动受限等症状。
3.其他疾病：长时间不运动导致的腰椎小关节紊乱，或者腰部受到外伤刺激等也会引发早上起来后腰两侧疼。
如果患者疼痛症状较轻，且经短暂休息或运动后能消失，通常问题不大。但若早上起来后腰两侧疼症状较明显，且短期内无好转，建议前往医院骨科就诊，必要时可服用非甾体类消炎镇痛药物如布洛芬、阿司匹林等以缓解不适症状。
总结：早上起来后腰两侧疼的原因有多种，非病理性和病理性因素都可能导致，应根据具体情况判断，若症状严重或持续不缓解需及时就医检查和治疗。