早上起床腰两边痛的原因可能有以下几点：
1.床垫不合适：床垫过软或过硬，都会导致腰部得不到良好的支撑，引起疼痛。
2.腰部肌肉劳损：长时间保持一个姿势或过度劳累，容易导致腰部肌肉劳损，引起疼痛。
3.泌尿系统感染：如肾炎、肾盂肾炎等，也会引起腰部疼痛。
4.腰椎间盘突出：腰椎间盘突出会压迫神经根，导致腰部疼痛，还可能伴有下肢麻木、无力等症状。
5.强直性脊柱炎：强直性脊柱炎是一种自身免疫性疾病，会侵犯脊柱及骶髂关节，导致腰部疼痛，早晨起床时疼痛明显，活动后可缓解。
6.其他：如肾结石、肾肿瘤等，也会引起腰部疼痛。
如果疼痛持续时间较长或伴有其他症状，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，日常生活中要注意保持良好的姿势，避免过度劳累，适当锻炼腰部肌肉，选择合适的床垫等。