早上起来咳嗽得厉害可能由多种疾病导致，比如急性咽炎、肺炎、支气管扩张症等，患者需依据医嘱进行药物或手术治疗。
一、急性咽炎：主要因病毒或细菌感染引起。患者往往有咽部干燥、发痒等表现，早上起来受到冷空气刺激后就易引发咳嗽。对此，患者需遵医嘱使用阿昔洛韦、青霉素等药物进行治疗。阿昔洛韦是一种抗病毒药物，对病毒感染有抑制作用；青霉素则主要用于细菌感染的治疗，能有效杀灭细菌。
二、肺炎：这是由细菌、病毒等病原体引发的肺部感染。患者通常会出现咳嗽、咳痰等症状，进而呈现早上起来咳嗽剧烈的情况。治疗上，患者要在医生指导下使用多西环素、阿奇霉素等药物。多西环素是一种四环素类抗生素，可用于多种细菌感染；阿奇霉素是一种大环内酯类抗生素，对多种病原体有效。
三、支气管扩张症：多由支气管阻塞、呼吸道感染等导致。患者常常会有持续或反复性咳嗽的症状，也会表现为早上起来咳嗽严重。患者需遵医嘱使用盐酸氨溴索、阿莫西林等药物治疗，严重者还需进行支气管动脉栓塞术等。盐酸氨溴索能促进痰液排出；阿莫西林则是一种广谱抗生素，可用于细菌感染的治疗。
总之，当出现早上起来咳嗽厉害的情况时，必须高度重视，尽快前往医院进行检查和治疗，以便明确病因并采取合适的治疗措施。