肠胃功能紊乱可以使用调节胃肠动力的药物、调节肠道菌群的药物等，比如多潘立酮、莫沙必利属于调节胃肠动力的药物，一般能在一定程度上改善肠胃功能紊乱相关的腹胀、早饱等症状。而双歧杆菌四联活菌片、枯草杆菌二联活菌颗粒属于调节肠道菌群的药物，有助于恢复肠道菌群平衡，缓解肠胃功能紊乱问题。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 能直接作用于胃肠壁，增加食管下括约肌张力，防止胃-食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，一般可缓解肠胃功能紊乱引起的消化不良、腹胀等症状。莫沙必利： 选择性地促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道运动，改善功能性消化不良、肠胃功能紊乱导致的早饱、上腹胀等症状。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等四种有益菌，可补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，调整肠道菌群平衡，对肠胃功能紊乱引起的腹泻、便秘等有一定调节作用。枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理活菌，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道菌群的目的，改善肠胃功能紊乱状况。
抑制胃酸分泌类药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能特异性地抑制胃壁细胞质子泵的活性，阻断胃酸分泌的最后步骤，从而降低胃酸分泌，对于肠胃功能紊乱伴有胃酸过多引起的胃痛、反酸等症状有缓解作用。兰索拉唑： 同样是质子泵抑制剂，作用机制与奥美拉唑类似，可抑制胃酸分泌，减轻胃酸对胃肠黏膜的刺激，缓解肠胃功能紊乱相关的不适症状。
对症治疗的其他药物
复方消化酶胶囊： 含有多种消化酶，如胃蛋白酶、胰淀粉酶等，能促进食物消化，增进食欲，可用于肠胃功能紊乱导致的消化不良等情况。蒙脱石散： 如果肠胃功能紊乱出现腹泻症状，蒙脱石散可以在肠道内形成一层保护膜，吸附病原体和毒素，起到止泻的作用。但需注意按正确剂量服用，过量可能引起便秘。