胃肠功能紊乱可以使用调节胃肠动力的药物、调节肠道菌群的药物等，比如莫沙必利、多潘立酮属于调节胃肠动力的常见药物；双歧杆菌四联活菌片、地衣芽孢杆菌活菌胶囊是常用的调节肠道菌群药物。一般来说，对症用药效果较好，但具体效果因个体差异而异。
调节胃肠动力的药物
莫沙必利： 属于促胃肠动力药，可促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良、胃肠功能紊乱引起的烧心、早饱、上腹胀、恶心、呕吐等症状。它主要作用于胃肠道的平滑肌，加速胃肠内容物的推进。多潘立酮： 能直接作用于胃肠壁，增加食管下括约肌张力，防止胃-食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，从而缓解胃肠功能紊乱导致的消化不良等不适。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，这些有益菌可以补充肠道正常菌群，抑制有害菌的生长繁殖，调整肠道菌群失调，改善胃肠功能紊乱引起的腹泻、便秘、腹胀等症状。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌等有益菌具有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善胃肠功能。
抑制胃酸分泌的药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能特异性地抑制胃壁细胞内的质子泵，减少胃酸分泌。对于胃肠功能紊乱伴有胃酸分泌过多引起的胃痛、反酸等症状有较好的缓解作用。它可以有效抑制基础胃酸分泌以及由刺激引起的胃酸分泌。兰索拉唑： 同样是质子泵抑制剂，作用机制与奥美拉唑类似，通过抑制胃酸分泌来改善胃肠功能紊乱相关的胃部不适，如烧心、反酸等症状，适用于胃酸分泌过多导致胃肠功能紊乱的患者。
缓解胃肠痉挛的药物
颠茄片： 能解除胃肠道平滑肌痉挛，缓解胃肠功能紊乱引起的腹痛。它通过阻断M胆碱受体，松弛胃肠道平滑肌，减轻胃肠痉挛性疼痛。但青光眼患者禁用，前列腺增生患者慎用。山莨菪碱： 也可解除平滑肌痉挛，尤其对胃肠道平滑肌的松弛作用较明显，用于胃肠功能紊乱引起的肠痉挛导致的腹痛等症状。脑出血急性期及青光眼患者禁用该药物。