眼睛斜视的引起原因较多，先天性因素是其中之一，约有15%的斜视患儿是由于先天性眼外肌肉发育异常导致，从出生后就可能出现斜视情况。
神经肌肉因素
先天性神经肌肉发育异常： 如先天性动眼神经麻痹等，会使眼部肌肉的神经支配出现问题，进而引发斜视。这是因为眼部肌肉的正常运动依赖神经的精准调控，先天性的神经发育异常破坏了这种调控平衡。后天神经病变： 比如脑部肿瘤压迫神经，像颅咽管瘤等肿瘤生长过程中可能压迫支配眼部肌肉的神经，影响神经对肌肉的控制，从而导致斜视。一般脑部肿瘤引起的斜视可能在肿瘤生长到一定程度后逐渐显现。
屈光不正因素
远视眼： 远视患者看远处物体时需要更多的调节力，同时双眼向内汇聚的程度也会增加，长期如此容易引发内斜视。据统计，约有1/4的内斜视患儿是由远视眼引起，尤其是中高度远视的儿童更易出现这种情况。近视眼： 近视眼患者看近处物体时调节需求相对降低，但看远处物体模糊，不过一般单纯的近视眼本身不一定直接导致斜视，但如果近视患者双眼屈光参差较大，即两只眼睛近视度数相差较多时，也可能引发斜视，比如一只眼近视300度，另一只眼近视600度，双眼成像清晰度不同，会影响双眼的协调运动，进而导致斜视。
外伤因素
眼部外伤： 当眼部受到撞击等外伤时，可能损伤眼部肌肉、神经或眼球结构，从而引起斜视。例如眼部遭受严重的车祸撞击，导致眼外肌损伤，就可能出现眼球运动异常，引发斜视。一般眼部外伤后数天至数周内可能逐渐出现斜视症状。