眼睛斜视的引起原因较多，其中先天性因素较为常见，约有15%的斜视患儿是由于先天性眼外肌发育异常导致的。
先天性因素导致
眼外肌发育异常： 胎儿在发育过程中，眼外肌发育出现异常，比如肌肉附着点异常等情况，就可能引发斜视。这种情况往往从出生后就可能表现出来，有的婴儿一出生就能发现眼睛位置不正常。遗传因素： 遗传也是导致斜视的一个重要原因，如果家族中有斜视的遗传史，那么后代发生斜视的概率会相对增高。研究发现，某些特定的基因异常可能与斜视的遗传易感性相关。
后天性因素导致
眼部疾病影响： 一些眼部疾病会引发斜视，比如患有先天性白内障的患儿，由于晶状体浑浊影响了视力发育，为了克服视力障碍，可能会出现斜视情况；另外，眼部的神经麻痹，像动眼神经麻痹等，会导致眼外肌运动不协调，从而引发斜视。神经支配因素： 脑部神经病变也可能导致斜视，例如脑部肿瘤压迫了支配眼外肌的神经，使得眼外肌的运动失去正常的神经调控，进而出现斜视症状。还有脑部的血管病变，如脑出血、脑梗死等影响了神经传导，也可能引发斜视。用眼习惯不良： 长时间的不良用眼习惯也可能诱发斜视，比如长期一侧卧位看书、看电视，或者长期只用一只眼睛看东西等，都可能打破双眼视觉的平衡，逐渐导致斜视的发生。尤其是儿童时期，如果经常在光线过强或过暗的环境下用眼，更容易增加斜视的发生风险。