眼睛斜视的引起原因有多种。一般来说，先天性因素是其中一个重要方面，比如胎儿在发育过程中眼部肌肉或神经等结构出现异常，就可能导致先天性斜视，有研究显示约5%的斜视患儿存在先天性的眼部结构发育问题。
先天发育异常导致
眼部肌肉发育异常： 胎儿在母体发育时，如果眼部肌肉的发育出现偏差，比如某条眼外肌过度发育或发育不良，就会使眼球运动失去平衡，从而引发斜视。例如，某条负责眼球向内转动的肌肉发育过强，而相对应的向外转动肌肉发育不足，就容易造成斜视。神经支配问题： 控制眼球运动的神经如果在胚胎时期发育异常，也会引起斜视。像支配眼外肌的动眼神经、滑车神经或外展神经等出现发育缺陷，会影响眼球的正常转动，进而导致斜视发生。
眼部疾病引发
屈光不正： 高度近视、远视或散光等屈光不正情况，会使眼睛为了看清物体而过度调节，长期下来可能影响眼球的正常位置，引发斜视。比如，高度远视的孩子，由于看远看近都需要很强的调节力，双眼集合功能也会异常，容易出现内斜视，有数据表明约30%的斜视患儿存在屈光不正问题。眼部外伤： 眼部受到外伤后，可能会损伤眼外肌或眼球的结构，导致眼球运动障碍，从而引发斜视。例如，眼部受到撞击后，眼外肌的附着点发生移位，就会使眼球的运动失去协调，造成斜视。
神经系统问题相关
脑部病变： 脑部的一些病变，如肿瘤、脑出血、脑梗死等，可能会影响到控制眼球运动的神经传导通路，从而导致斜视。比如，脑部肿瘤压迫了支配眼球运动的神经，就会干扰眼球的正常运动，引发斜视。有研究发现，约15%的斜视患者存在脑部神经系统的病变。神经麻痹： 像动眼神经麻痹、外展神经麻痹等神经麻痹情况，会使相应支配的眼外肌功能出现障碍，导致眼球运动异常，引发斜视。例如，外展神经麻痹时，眼球向外转动受限，就可能出现内斜视的情况。