阴茎里面总是隐隐疼的原因众多，既可能与不良习惯有关，也可能由病理性因素引起。具体如下：
一、不良习惯：
1.性生活或手淫过度：在过于频繁的性生活或手淫时，阴茎勃起依赖海绵体及肌肉的反复收缩，这就可能导致阴茎疼痛，通常在休息后一般可自然缓解。
二、病理性因素：
1.尿道炎：男性尿道从阴茎内部穿过，当尿道内部有炎症感染时，整个尿道会充血水肿，排尿时尿道会出现明显的刺痛感。
2.前列腺炎：前列腺炎会引发神经、生理、心理一系列不适症状，如盆腔疼痛综合征，会有阴囊坠胀、肛门坠胀不适以及下腹酸胀，还有尿频、尿急等表现。所以前列腺炎患者可能会出现阴茎内部疼痛，甚至会放射到尿道及阴茎头部。
3.阴茎病变：阴茎海绵体硬结症的患者，其硬结会压迫阴茎神经和阴茎血管，最终导致阴茎疼痛。
4.泌尿系结石：泌尿系结石在排石过程中，当结石梗阻或停留在尿道时，会造成阴茎里面疼痛，常可放射至阴茎龟头。
5.阴茎外伤：阴茎受到暴力撞击或者在性生活时过于粗暴，都可能引起阴茎刺痛。
6.蚊虫叮咬：各种蚊虫如蚊子、虱子、跳蚤、蜱虫、螨虫、隐翅虫、蚂蚁等叮咬阴茎，也有可能导致阴茎疼痛。
总之，当出现阴茎里面总是隐隐疼时，需要综合考虑多种因素，必要时应及时就医进行诊断和治疗。