阴茎时不时隐隐作痛可能是由尿道炎、膀胱炎、前列腺炎等原因引起。应根据具体病症对症治疗。
一、尿道炎：尿道炎常见症状为尿道刺痛，排尿时有灼烧感，同时伴有阴茎时不时隐隐作痛。常见病因包括细菌感染和尿道损伤等。治疗时要明确感染性质，针对病因用药，可在医生指导下选择抗菌药物，如阿莫西林、左氧氟沙星、阿奇霉素等。
1.阿莫西林：是一种广谱抗生素，能有效对抗多种细菌感染。
2.左氧氟沙星：对多种致病菌有抑制作用。
3.阿奇霉素：常用于治疗细菌感染导致的病症。
二、膀胱炎：膀胱炎是指膀胱被细菌感染后引发的病症，常见症状有尿频、尿痛、下腹部疼痛以及阴茎部位时不时隐隐作痛。治疗可在医生指导下给予抗生素药物，如阿莫西林、罗红霉素、阿奇霉素等。
1.阿莫西林：可帮助消除炎症。
2.罗红霉素：对相关病菌有杀灭效果。
3.阿奇霉素：能起到抗菌消炎的作用。
三、前列腺炎：前列腺炎多由细菌感染等原因引起，确切病因尚不清楚，症状分为急性和慢性以及全身症状，最常见的表现是阴茎时不时隐隐作痛，还伴有尿道灼烧感。治疗需在医生指导下使用抗生素药物，如阿奇霉素、头孢克肟分散片、左氧氟沙星等。
1.阿奇霉素：可针对病因发挥作用。
2.头孢克肟分散片：对炎症有抑制功效。
3.左氧氟沙星：有助于缓解症状。
阴茎疼痛还可能是其他原因，患者应尽早前往医院完善检查，明确病因后遵医嘱治疗。关于药物的服用，一定要严格遵循医嘱，切不可私自服用。