能够导致阴茎里面总是隐隐疼的原因多种多样，既可能与个人不良习惯相关，也可能由病理性因素引起。具体如下：
一、与个人不良习惯有关：
1.性生活或手淫过度：在过于频繁的性生活或手淫时，阴茎勃起依赖海绵体及肌肉的反复收缩，这样就可能导致阴茎疼痛，通常情况下经过休息后可自然缓解。
二、病理性因素：
1.尿道炎：男性尿道从阴茎内部穿过，当尿道内部出现炎症感染时，整个尿道会充血水肿，在排尿时尿道会呈现刺痛感。
2.前列腺炎：前列腺炎会引发神经、生理、心理一系列不适症状，比如盆腔疼痛综合征、阴囊坠胀、肛门坠胀不适以及下腹酸胀、尿频、尿急等。所以前列腺炎患者可能会出现阴茎内部疼痛，甚至会放射至尿道及阴茎头部。
3.阴茎病变：患有阴茎海绵体硬结症的患者，硬结会压迫阴茎神经和阴茎血管，最终致使阴茎疼痛。
4.泌尿系结石：泌尿系结石在排石过程中，当结石梗阻或者停留在尿道时，会引发阴茎里面疼痛，常可放射至阴茎龟头。
5.阴茎外伤：阴茎受到暴力撞击或者在性生活中过于粗暴，都可能引起阴茎刺痛。
6.蚊虫叮咬：各种蚊虫如蚊子、虱子、跳蚤、蜱虫、螨虫、隐翅虫、蚂蚁等叮咬阴茎，也有可能导致阴茎疼痛。
总之，阴茎内隐痛的原因较多，当出现这种情况时应及时就医，明确原因，以便采取针对性的治疗措施。