肝内胆管结石的症状表现多样，部分患者可能长期无症状，而有症状者主要表现为以下几方面。
腹痛表现
右上腹隐痛： 约有1/3的患者会出现右上腹或上腹部隐痛，这种疼痛可能间歇性发作，疼痛程度较轻，有时容易被忽视，一般持续数小时。胆绞痛： 另外约1/3的患者会出现胆绞痛，多在进食油腻食物后发作，疼痛较为剧烈，可向右肩部或背部放射，持续时间从数十分钟到数小时不等。
消化系统症状
消化不良： 患者常伴有消化不良的表现，如食欲减退、腹胀、嗳气等。一般进食油腻食物后，消化不良症状会加重，大约有半数左右的患者会出现此类情况。恶心呕吐： 部分患者会出现恶心、呕吐症状，尤其是在疼痛发作时，呕吐后疼痛可能不会立即缓解。
黄疸表现
间歇性黄疸： 当结石引起胆管梗阻时，可能会出现黄疸，表现为皮肤和巩膜发黄，尿液颜色加深，粪便颜色变浅。黄疸一般是间歇性出现，有时会自行缓解，但在梗阻加重时又会再次出现，大约有10% - 20%的患者会出现黄疸症状。
发热表现
低热： 若胆管发生炎症，患者可能出现发热症状，多为低热，体温一般在37.5℃ - 38.5℃之间，可持续数天。如果炎症加重，可能会出现高热，体温超过38.5℃。