肝内胆管结石主要症状表现多样，部分患者可能长期无症状，而有症状者常见以下情况。
腹部疼痛表现
右上腹隐痛： 约有相当一部分患者会出现右上腹或上腹部的隐痛，这种疼痛可能呈间歇性发作，时轻时重。比如有的患者可能在进食油腻食物后，隐痛症状会有所加重。胆绞痛： 当结石移动堵塞胆管时，可引发剧烈的胆绞痛，疼痛多位于右上腹或上腹部，疼痛程度较为剧烈，呈阵发性发作，患者常难以忍受，还可能向右肩部或背部放射，持续时间不等，有的可能持续几十分钟甚至数小时。
消化道相关症状
消化不良： 患者可能出现消化不良的表现，如食欲减退，对油腻食物尤其反感。还可能有腹胀、嗳气等症状，有的患者会感觉上腹部饱胀不适，进食后这种感觉更明显。恶心呕吐： 部分患者会伴有恶心、呕吐的症状，尤其是在疼痛发作时，呕吐可能会随之出现，呕吐物多为胃内容物。
黄疸表现
轻度黄疸： 当结石引起胆管梗阻时，可能会出现黄疸，表现为皮肤和巩膜轻度黄染，尿液颜色加深，呈浓茶色。一般梗阻不严重时黄疸程度较轻，经过及时处理梗阻解除后，黄疸可逐渐消退。黄疸加重情况： 如果胆管梗阻持续不缓解，黄疸会进行性加重，皮肤黄染会更明显，甚至全身皮肤都呈现黄色，同时可能伴有皮肤瘙痒等症状。
发热表现
低热： 部分患者会出现低热，体温一般在37.5℃~38℃左右，这是因为胆管梗阻后容易引发胆道感染，炎症刺激导致体温升高。高热寒战： 当胆道感染严重时，患者可能出现高热，体温可超过38.5℃，同时伴有寒战，表现为怕冷、发抖等症状，此时往往提示感染比较严重，需要及时就医处理。