治疗肠胃功能紊乱的药物有多种，比如调节胃肠动力的药物，像多潘立酮，它能促进胃肠蠕动，一般可缓解因胃肠动力不足导致的消化不良等问题。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 可促进胃肠蠕动，帮助改善腹胀、早饱等症状，适用于胃肠动力不足引起的肠胃功能紊乱。不过，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 也是促进胃肠动力的药物，能加快胃肠排空，对改善消化不良、胃胀等情况有帮助。但有心脏病、电解质紊乱的患者要谨慎使用。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善肠道功能紊乱引起的腹泻、便秘等问题。儿童、孕妇及哺乳期妇女应在医生指导下使用。枯草杆菌二联活菌颗粒： 同样是调节肠道菌群的药物，可用于治疗肠道菌群失调引起的肠胃功能紊乱，比如腹泻、便秘、腹胀等。小于3岁的幼儿服用时，注意将颗粒溶于温水中服用。
抑制胃酸分泌类药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，对于肠胃功能紊乱伴有胃酸过多引起的胃痛、反酸等症状有缓解作用。严重肾功能不全者及婴幼儿禁用。兰索拉唑： 也是抑制胃酸分泌的药物，可用于治疗胃酸过多导致的肠胃不适，像胃溃疡、十二指肠溃疡等引起的肠胃功能紊乱相关症状。肝肾功能不全者要慎用。