治肠胃功能紊乱的药有多种，比如调节胃肠动力的药物，像莫沙必利，它能促进胃肠蠕动，一般可用于改善胃肠功能紊乱引起的腹胀、早饱等症状。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 能直接作用于胃肠壁，增加胃肠道的蠕动和张力，促进胃排空，缓解消化不良、腹胀等肠胃功能紊乱相关症状。但一般不建议1岁以下婴儿使用，因其可能有潜在风险。莫沙必利： 主要是通过兴奋胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5 - HT4受体，促进乙酰胆碱的释放，从而增强胃肠道运动，改善功能性消化不良、胃肠功能紊乱引起的烧心、嗳气等症状。不过，对莫沙必利过敏者禁用。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等多种肠道有益菌，能补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的肠胃功能紊乱，比如腹泻、便秘等情况。但应避免与抗菌药物同服，如需服用抗菌药物，需间隔2 - 3小时。枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和屎肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道菌群的目的，适用于肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、腹胀等肠胃功能紊乱问题。不过，冲调时水温不宜超过40℃，以免杀死活菌。
抑制胃酸分泌类药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，通过抑制胃壁细胞的H+-K+-ATP酶来抑制胃酸分泌，可用于缓解肠胃功能紊乱伴有胃酸过多引起的胃痛、反酸等症状。但严重肾功能不全者及婴幼儿禁用，长期使用可能会有一些潜在的影响，比如增加肠道感染风险等。雷贝拉唑： 同样是质子泵抑制剂，作用机制与奥美拉唑类似，能有效抑制胃酸分泌，改善肠胃功能紊乱导致的烧心、反酸等不适。对雷贝拉唑钠过敏者禁用，孕妇及哺乳期妇女慎用。