口腔溃疡反复发作可能由多种原因引起，其中遗传因素占一定比例，据统计，约40%的复发性口腔溃疡患者有家族遗传史。
一、免疫因素
自身免疫反应异常： 当人体的免疫系统出现紊乱时，会错误地攻击自身口腔黏膜组织，从而导致口腔溃疡反复发作。例如，在一些自身免疫性疾病患者中，口腔溃疡的发生率相对较高。免疫功能低下： 当人体免疫功能低下时，如患有艾滋病、肿瘤放化疗后等情况，口腔黏膜抵御病原体的能力下降，容易受到病菌侵袭，引发口腔溃疡且反复发作。
二、缺乏营养素
维生素缺乏： 尤其是维生素B族（如B₂、B₁₂等）和维生素C缺乏时，会影响口腔黏膜的正常代谢，导致黏膜抵抗力下降，容易出现口腔溃疡。比如长期饮食不均衡，不爱吃蔬菜水果的人，就容易缺乏这些维生素，进而引发口腔溃疡反复发作。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡反复发作有关。锌参与人体多种酶的合成，对维持黏膜健康很重要；铁是合成血红蛋白的关键成分，缺乏铁会影响身体的供氧等功能，间接影响口腔黏膜状态，导致口腔溃疡反复出现。
三、精神因素
长期精神紧张： 现代社会人们生活节奏快，长期处于精神紧张状态下，会导致神经功能紊乱，影响内分泌系统，进而干扰口腔黏膜的正常修复和代谢，使得口腔溃疡容易反复发作。例如学生考试前、工作压力大的人群，口腔溃疡的发生率相对较高。情绪波动大： 长期焦虑、抑郁、烦躁等情绪也会影响免疫系统和口腔黏膜的状态，增加口腔溃疡反复发作的几率。比如一些性格比较敏感、情绪容易大起大落的人，更容易被口腔溃疡困扰。
四、局部刺激因素
口腔局部创伤： 牙齿残根、残冠、锐利的牙尖等长期刺激口腔黏膜，会导致黏膜反复受损，引发口腔溃疡且不易愈合，进而反复发作。比如有不合适假牙的人，假牙边缘不贴合，长期摩擦口腔黏膜，就容易出现口腔溃疡反复的情况。不良饮食习惯： 长期吃辛辣、过烫的食物，会对口腔黏膜造成损伤，使口腔黏膜容易发生炎症，导致口腔溃疡反复发作。例如喜欢吃火锅、麻辣烫等辛辣滚烫食物的人，口腔黏膜经常受到刺激，就容易出现口腔溃疡反复的现象。