子宫内膜异位症的发生与多种因素有关。目前认为，子宫内膜种植学说被广泛认可，约10% - 15%的育龄女性患有子宫内膜异位症。
种植学说相关因素
经血逆流： 女性在月经期间，子宫内膜碎片可随经血逆流，经输卵管进入盆腔，种植在卵巢、盆腔腹膜等部位，从而引发子宫内膜异位症。例如，正常情况下月经血是从宫腔经宫颈、阴道排出体外，但部分女性由于生殖道畸形等原因，经血逆流的概率增加。淋巴及静脉播散： 子宫内膜细胞还可通过淋巴系统或静脉系统播散到身体其他部位，如肠道、肺部等，进而在这些部位发生异位种植。不过这种情况相对经血逆流来说发生率较低，但也是子宫内膜异位症发生的可能途径之一。
免疫炎症因素
免疫监视功能异常： 人体的免疫系统具有监视和清除异位子宫内膜细胞的功能。当免疫监视功能出现异常时，免疫系统不能有效识别和清除异位的子宫内膜细胞，导致子宫内膜细胞在盆腔等部位定植生长。例如，一些自身免疫性疾病患者，其体内免疫系统调节失衡，更容易发生子宫内膜异位症。炎症反应： 盆腔内的炎症反应也与子宫内膜异位症的发生有关。炎症因子可以促进子宫内膜细胞的黏附、侵袭和血管生成等过程，使得子宫内膜细胞更容易在盆腔内种植并生长。比如，盆腔长期存在慢性炎症时，会改变盆腔内的微环境，为子宫内膜异位症的发生创造条件。
遗传因素
家族遗传倾向： 子宫内膜异位症具有一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有子宫内膜异位症，那么其他女性成员患病的风险会增加。研究发现，某些基因的突变或多态性与子宫内膜异位症的发生相关，这些基因可能影响子宫内膜细胞的黏附、侵袭等生物学行为，从而增加患病几率。例如，有家族史的女性，其发病风险比无家族史女性高2 - 3倍左右。