子宫内膜异位症的引起原因目前尚未完全明确，但有几种主要学说。其中，经血逆流学说较为被认可，据研究，约10% - 15%的育龄女性存在经血逆流现象，而其中部分人就会发生子宫内膜异位症。
经血逆流种植
经期子宫收缩异常： 女性在月经期间，子宫的收缩如果出现异常，就可能导致子宫内膜组织随着经血逆流。比如子宫收缩过强时，就更容易让子宫内膜碎片通过输卵管逆流到盆腔等部位。盆腔环境影响： 盆腔的微环境对子宫内膜细胞的种植有影响。如果盆腔内的免疫功能异常，不能及时清除逆流的子宫内膜细胞，这些细胞就可能在盆腔、卵巢等部位种植生长，从而引发子宫内膜异位症。
体腔上皮化生学说
腹膜的化生： 腹膜是一种体腔上皮，在某些因素刺激下，腹膜的间皮细胞可能化生为子宫内膜样组织。例如，炎症等刺激可能促使腹膜间皮细胞发生这种化生改变，进而发展为子宫内膜异位症。卵巢表面上皮的变化： 卵巢表面的上皮也属于体腔上皮，当受到一些如持续的炎症、雌激素刺激等因素影响时，可能发生化生，形成异位的子宫内膜组织。
淋巴及静脉播散学说
远处组织的种植： 子宫内膜细胞还可能通过淋巴系统或血液循环播散到身体远处的部位。比如，子宫内膜细胞可以通过淋巴管转移到腹股沟、肺部等远处组织，在这些地方种植生长，引发相应部位的子宫内膜异位症。像肺部的子宫内膜异位症，就可能是通过血液循环或淋巴系统将子宫内膜细胞带到肺部并种植的。手术种植的可能： 虽然比较少见，但在一些妇科手术中，比如剖宫产手术、刮宫手术等，有可能将子宫内膜组织带到手术切口部位或其他远处组织，从而引发子宫内膜异位症。例如，剖宫产术后，子宫切口处可能会有子宫内膜细胞种植，形成切口部位的子宫内膜异位病灶。