新生儿贫血的原因较多，常见的如胎儿期失血，比如双胎输血综合征，可使胎儿之间发生血液交换，导致其中一个胎儿出现贫血，这种情况在多胎妊娠中发生率相对较高。
母体因素导致的贫血
胎盘异常情况：胎盘早剥会影响胎儿血液供应，可能引发新生儿贫血。另外，胎盘血管瘤也可能造成胎儿失血，从而导致新生儿出现贫血状况。母体疾病影响：如果母体在孕期患有缺铁性贫血，且没有得到有效纠正，那么胎儿获取的铁元素不足，出生后就容易发生贫血。还有母体患有自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮等，可能会通过免疫机制影响胎儿血液系统，导致新生儿贫血。
胎儿自身造血相关原因
红细胞生成素不足：胎儿自身红细胞生成素产生减少，会影响红细胞的生成，进而引发贫血。一般来说，胎儿在孕期后期红细胞生成素分泌会逐渐增加，如果这个过程出现异常，就可能导致贫血。红细胞破坏过多：新生儿体内红细胞膜、酶或血红蛋白异常，会使红细胞容易被破坏，造成溶血，引发贫血。例如葡萄糖 - 6 - 磷酸脱氢酶（G - 6 - PD）缺乏症，就可能导致新生儿红细胞破坏过多，出现溶血性贫血。血红蛋白合成障碍：胎儿体内血红蛋白合成相关的基因缺陷等情况，会导致血红蛋白合成异常，引起贫血。比如地中海贫血，就是由于血红蛋白珠蛋白肽链合成障碍导致的遗传性溶血性贫血，新生儿若遗传了相关基因，就可能发病。