鼻咽癌的发生是多种因素共同作用的结果。目前研究发现，EB病毒感染是重要因素之一，据统计，90%以上的鼻咽癌患者体内可检测到EB病毒。另外，遗传因素也起到一定作用，如果家族中有鼻咽癌患者，那么亲属患鼻咽癌的风险比普通人群高2~8倍。还有环境因素，长期接触甲醛、镍等化学物质，或者长期吸烟、吸入二手烟，也会增加患鼻咽癌的几率。
病毒感染因素
EB病毒持续感染：EB病毒是一种疱疹病毒，它会在人体鼻咽部上皮细胞内持续感染。当人体免疫力下降时，EB病毒容易活跃，进而可能引发鼻咽部细胞的异常增殖，增加患鼻咽癌的可能性。研究表明，EB病毒的潜伏感染与鼻咽癌的发生、发展密切相关。其他病毒协同作用：有研究发现，一些其他病毒可能与EB病毒协同作用增加鼻咽癌风险，但目前具体机制还在进一步探索中，不过明确EB病毒是重要的启动因素。
遗传因素影响
家族聚集现象：鼻咽癌具有一定的家族聚集性。如果家族中有人患过鼻咽癌，那么家族中的一级亲属（父母、子女、兄弟姐妹）患鼻咽癌的风险会明显升高。这是因为遗传物质中存在一些与鼻咽癌易感性相关的基因，这些基因会传递给下一代，使得家族成员更容易受到致癌因素的影响。基因多态性作用：人体基因的多态性也与鼻咽癌遗传易感性有关。不同基因的变异可能会影响机体对致癌物质的代谢、免疫监视等功能，从而使携带相关基因变异的人更易患上鼻咽癌。
环境因素作用
化学物质接触：长期处于含有甲醛的环境中，比如新装修且通风不良的房屋，甲醛会对鼻咽部黏膜产生刺激，长期刺激可能引发细胞的癌变。还有镍元素，在一些特定的工业环境中，工人长期接触镍，患鼻咽癌的风险会增加。生活习惯影响：吸烟是明确的鼻咽癌危险因素，吸烟者患鼻咽癌的风险比不吸烟者高2~3倍。烟雾中的尼古丁、焦油等多种有害物质会损伤鼻咽部黏膜，长期积累可导致细胞癌变。另外，长期吸入二手烟同样会增加患鼻咽癌的几率，尤其是对儿童和女性的影响较为明显。